学校“十五”和“十一五”211工程重点建设学科经费2200万元：主要用于仪器设备的购置。
学校实验室建设经费1000万元：用于温江区四川农业大学成都科学研究院科研大楼的实验室和附属设施的建设和改造。
学校管理运行经费 40万元：由于实验室运行和管理。
学校实验基地建设200万元：由于租用300亩土地及育种基地一期建设，育种楼及道路和基础设施建设。
学校双支计划科研经费投入约300万元：用于队伍人才培养和团队建设。
教育厅科研经费投入100万元：用于队伍人才培养、团队建设和实验室运行。
科技厅科研经费投入40万元：用于队伍人才培养、团队建设和实验室运行。
2005-2009年，总体投入为3880万元，其中：建设经费1200万元，仪器设备费2200万元，人才培养430万元，运行经费50万元。