重点实验室严格按照教育部《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》的要求，在主管部门的领导和指导下，通过进一步建设与完善，把本实验室建成为西南作物特异基因资源与遗传改良的基础研究和应用研究、人才聚集与培养、学术交流开展与科技创新的重要基地。
1．实验室是学校相对独立、实体性研究机构和研究生培养单位。实验室的组织管理机构本着“精简、效能”的原则，设立重点实验室建设管理委员会，学术委员会，实验室主任、副主任、实验室专职秘书，以及办公室和研究室。
2．以重点实验室建设项目为纽带，成立以校长为组长，建设项目首席专家为副组长，科技管理处、人事处、研究生院、教务处、国资办、211办以及相关学科等有关部门负责人为成员，组成重点实验室建设管理委员会。其主要职能是：负责仪器设备购置、配套设施、实验基地设施工程建设的招标或竞争性谈判等重大工作的决策，监督、检查实验室建设项目执行情况，定期或不定期地研究解决项目执行中的重大问题。
3．实验室实行学校领导下的实验室主任负责制，实验室主任对实验室的发展全面负责；实验室设副主任4人，协助主任进行实验室的管理；专职秘书1人，协助实验室主任做好实验室的日常管理工作（附件一、附件十一）。建立研究室12个，即：水稻生物技术与遗传改良研究室、水稻基因资源与杂种优势利用研究室、水稻遗传育种与种子工程研究室、水稻生理与高产栽培研究室、小麦族系统学与资源利用研究室、小麦分子遗传与基因工程育种研究室、小麦细胞遗传与染色体工程育种研究室、玉米数量遗传与育种研究室、玉米高新技术与育种研究室、玉米种子工程研究室、植物遗传理论与实践研究室和作物高产栽培理论与实践研究室。各设研究室主任1人，负责研究室的科学研究、人才交流与培养、及日常管理等工作。
4．实验室学术委员会是实验室的学术指导机构，研究确定实验室的发展战略、目标任务和主要研究方向，审议年度研究工作计划、重大学术安排等事项。实验室学术委员会由国内外13位优秀专家组成，设主任1人、副主任2人（附件十二）。
5．办公室是实验室的日常事务办理机构，主要负责日常事务、图书资料和科研人员、项目成果、学术会议、研究工作报告等档案管理和实验室网页的建设与维护工作。
6．建立和健全人员流动、创新竞争的用人机制。实验室人员将由固定人员80-100人和流动人员10-20人组成。根据运行和发展需要，除聘任稳定的固定精干学术带头人、科研业务骨干和精干的管理人员外，还要聘任国内外知名学者为客座教授（研究员）、承担国家重大项目的人员进实验室工作。流动人员均由主任签订责任、权利、利益明确且具有法律效力的定期聘任合同，报学校科技管理处和人事处备案。实行目标考核、动态管理的激励竞争机制。
7．实验室的科研项目、经费、成果及知识产权管理，由学校科技管理处负责，按学校相关科技管理制度执行。
8．实验室制定了《工作人员条例》、《对外接待工作条例》、《门卫制度》、《安全保卫制度》、《实验室仪器设备的管理与使用规则》、《关于仪器设备、设施的赔偿办法》、《剧毒物品管理办法》、《放火安全规定》、《实验室客座研究人员与开放课题管理办法》、《关于知识产权保护的有关规定》、《学术年会评估制度》、《高水平论文和成果的奖励办法》等有关规定和制度。
9．大型仪器设备实行专人管理。